La direction de l’ENSSEA est assurée, selon les textes réglementaires qui régissent son activité et à l'origine de sa création, par un bureau exécutif et un conseil de direction

Le Bureau Exécutif :

- le directeur,
- les directeurs-adjoints,
- le secrétaire général,
- le directeur de la bibliothèque,
- les chefs des départements.

Le Conseil de Direction :

Les membres (selon décret 05-500 du 29/12/2005) :
- le directeur,
- le directeur-adjoint chargé des études et des diplômes,
- le directeur-adjoint chargé de la post-graduation et de la recherche scientifique,
- le directeur-adjoint chargé de la formation continue et des relations extérieures,
- le secrétaire général,
- le directeur de la bibliothèque,
- les chefs de départements.

Remarque :
Le conseil de direction se réunit, au moins, une fois par mois, le secrétariat est assure par le secrétaire général.